Charakterystyczną cechą postaci Jana Stanisławskiego była znaczna tusza, z czym wiązało się wiele anegdot dotyczących tego artysty. Opowiadano np., że pewnego razu, gdy malarz podczas pobytu w Zakopanem wybierał się do Kuźnic, przewożący go małą furką góral miał powiedzieć: Czy ja was, panie, aby na jeden raz całego zabiorę? Z figurą Stanisławskiego dziwnie kontrastowały niewielkie rozmiarami obrazy, które malował. Sprzeczność tę tak oto wyjaśnił sam Tadeusz Boy-Żeleński: Podobno tusza jego była przyczyną ich maleńkości: przy większym obrazie zanadto go męczył konieczny ruch ciągłego zbliżania się i oddalaniaMarek Żukow-Karczewski, Krakowskie plotki z myszką, "Gazeta Krakowska", 8,9 X 1994 r., nr 233 (14145)..

Ożenił się w wieku 39 lat, zmarł w pełni sił twórczych siedem lat później. W listopadzie w roku jego śmierci w Pałacu Sztuki otwarto dwie wystawy, jedną prezentującą 154 obrazy olejne, a także rysunki i pastele, oraz drugą, zawierającą dzieła jego wybitnych uczniów.

Zmarł w dniu, gdy założony przez niego związek artystów „Sztuka” organizował wystawę z okazji 10-lecia istnienia. Został pochowany z honorami na cmentarzu Rakowickim, w kwaterze XVI.

Na krótko przed śmiercią w 1909 jego żona przekazała Muzeum Narodowemu w Krakowie jego 100 najbardziej wartościowych obrazów oraz szkicownik.