Początkowo Habdzinek miał charakter nadrzecznej osady użytkowanej gospodarczo dzięki żyznym ziemiom zalewowym. Położenie przy Wiśle sprawiało jednak, że miejscowość wielokrotnie zmieniała swoje umiejscowienie względem rzeki i jej starorzeczy. Z czasem zmiany koryta Wisły oraz Jeziorki doprowadziły do powstania pobliskiej wyspy, znanej jako Kępa Chabdzińska (wcześniej także jako Kępa Świderska).
Związki z dobrami kościelnymi i rodami szlacheckimi W 1430 roku Piotr Pilik przekazał wieś w testamencie warszawskiej archikatedrze. Habdzinek pozostawał jej uposażeniem co najmniej do XVI wieku. W 1516 roku księżna Anna nadała archidiakonowi Janowi Mrokowskiemu przywilej żeglugi i rybołówstwa na Wiśle w dobrach Chabdzinka. Mrokowski, wywodzący się z rodu Pierzchałów, przyczynił się do przeniesienia wsi w ręce rodu Oborskich. Pod koniec XVI wieku Habdzinek wraz z dobrami Chabdzina wszedł w skład majątku Obór, później należącego do Wielopolskich.
Mieszkańcy wsi byli określani jako „urzyccy”, gdyż ich pola znajdowały się na urzeczu – nadwiślańskim terenie zalewowym. Od nich też pochodziła nazwa pobliskiej Kępy Chabdzińskiej, na której prowadzili wypas bydła.