Wybuch II wojny światowej zakłócił naukową i organizacyjno-hodowlaną aktywność Tadeusza Vetulaniego. Znaczna część zorganizowanej przez niego hodowli została wywieziona do Niemiec, gdzie została wykorzystana do eksperymentów naukowców niemieckich, Heinza i Lutza Hecków. Według późniejszych ocen, „rezultaty prac profesora Vetulaniego zostały zrabowane, a najcenniejszy materiał hodowlany skradziony i wywieziony do Niemiec. (...) Niemieckie kręgi naukowe i prywatne firmy przez długie lata bezpośrednio czerpały korzyści z rabunku prac profesora Vetulaniego”, który sam nazwał te działania „niezrozumiałą kampanią zniszczenia”.
W czerwcu 1945 roku powrócił do pracy na Uniwersytecie Poznańskim. Ponownie objął kierownictwo naukowe rezerwatu koników w Puszczy Białowieskiej, a także został powołany na członka Państwowej Rady Ochrony Przyrody. W latach 1946–1949 był członkiem Polskiego Towarzystwa Leśnego. W grudniu 1946 roku z ramienia Ministerstwa Leśnictwa prowadził działania rewindykacyjne mające na celu sprowadzenie do Polski około trzydziestu koników zagrabionych w czasie wojny z rezerwatu.