W czerwcu 1922, po aresztowaniu patriarchy Tichona, biskup Nikon na krótko poparł ruch Żywej Cerkwi i wszedł do zarządzającego nią Wyższego Zarządu Cerkiewnego. W Żywej Cerkwi został w 1923 ordynariuszem eparchii kurskiej. W tym samym roku wziął udział w soborze Żywej Cerkwi, w czasie którego sprzeciwiał się deklaracji o pozbawieniu Tichona godności patriarchy. W marcu 1924 duchowny ogłosił wystąpienie z Żywej Cerkwi, złożył akt pokutny i powrócił do Rosyjskiego Kościoła Prawosławnego, ponownie przyjmując tytuł biskupa biełgorodzkiego. W 1925, z powodu swojego porzucenia ruchu odnowicielskiego, został aresztowany (oficjalnie za „agitację antyradziecką”) i skazany na dwa lata więzienia w łagrze urządzonym w dawnym Monasterze Sołowieckim.
W 1930 otrzymał godność biskupa nadkaspijskiego i bakijskiego, jednak nigdy nie dotarł do miasta, w którym miał rezydować. W październiku tego samego roku nadano mu zatem tytuł biskupa rżewskiego, w marcu 1933 – wiaziemskiego;