Papież umarł wkrótce potem, a jeden z najbardziej rozwiązłych ludzi tych czasów, Jan XXIII (Baldassare Cossa) został wybrany jego następcą. Sobór w Pizie nie przyniósł pokoju, dodał tylko trzeciego papieża. Pierre d'Ailly narzekał na sobory powszechne (zob. jego De difficultate reformationis in concilio universali ale Gerson kontynuował walkę. Ożywiała go kolejna sprawa – waśnie pomiędzy domami Orleanu i Burgundii, które długo pustoszyły Francję. Książę Orleanu został zdradziecko zamordowany przez zwolenników księcia Burgundii, a teolog Jean Petit (1360-1411) publicznie i niedwuznacznie usprawiedliwił ten czyn. Jego usprawiedliwienia morderstwa – "osiem prawd", jak je nazwał, zostały głównie za sprawą Gersona potępione przez uniwersytet paryski, arcybiskupa i wielkiego inkwizytora. Książka Petita została publicznie spalona przed katedrą Notre Dame. Gerson pragnął, aby sobór potwierdził ten wyrok. Jak zwykle, podjął w tym celu wielkie wysiłki – w serii traktatów stwierdzał, że sobór powszechny może odwołać papieża, wysuwał oskarżenia pod adresem panujących papieży, powtarzał oskarżenia przeciwko Petitowi, i ukazywał grzech schizmy – podsumowując, robił wszystko, aby pokazać opinii publicznej zło w Kościele i sposoby jego naprawy.