30 października 1988 w miejscowym kościele miała miejsce ordynacja na duchownych Piotra Żwaka i Witolda Twardzika. Dotychczasowy praktykant nie miał możliwości zamieszkania na plebanii, zajmowanej nadal przez ks. Pilchowskiego z rodziną i w związku z tym pracę w parafii pełnił jedynie do czerwca 1989. Jesienią tego roku do Mikołajek skierowano kolejnego praktykanta, którym został Marek Jerzy Uglorz.
Parafia uzyskała własnego duszpasterza w osobie wikariusza parafii w Piszu, ks. Franciszka Czudka w dniu 26 czerwca 1990. Na mocy uchwały Rady Parafialnej ks. Pilchowskiemu nakazano udostępnienie wikariuszowi dwóch z czterech zajmowanych przez niego pokoi plebanii. Księdzu Czudkowi zostało 22 lipca 1990 przekazane pismo, w którym ks. Pilchowski ogłosił wystąpienie z Kościoła Ewangelicko-Augsburskiego. Na skutek tego dawny proboszcz został wykreślony ze spisu duchownych. Jednak 29 października tego roku do administratora parafii mikołajskiej, ks. Krzysztofa Reja z Pisza, a także do Konsystorza i seniora diecezji mazurskiej wpłynęło kolejne pismo od Pilchowskiego, w którym wycofał on poprzednią deklarację wystąpienia. Na wiosnę 1991 zwolnił również zajmowane przez siebie pomieszczenia w budynku plebanii. Ksiądz Czudek rozpoczął więc jej remont, a także budowę domu gościnnego.