Zarzucano mu także negowanie Holocaustu – w 1987 na forum Parlamentu Europejskiego komory gazowe określił „detalem historii”, za co został później skazany na grzywnę. Podobny pogląd wygłosił w PE w 2009. Został także skazany za zastosowanie przemocy fizycznej wobec socjalistycznej kandydatki , w trakcie kampanii wyborczej w 1997 w okręgu Mantes-la-Jolie, w której o mandat z listy FN ubiegała się jego córka Marie-Caroline. Orzeczono wówczas m.in. roczny zakaz ubiegania się o funkcje publiczne.
W maju 2015 został zawieszony w prawach członka Frontu Narodowego. Przewodnicząca ugrupowania, Marine Le Pen, zorganizowała mailowe referendum, w którym działacze zadecydowali o pozbawieniu Jeana-Marie Le Pena tytułu honorowego prezesa (większością ponad 94% głosów). Podanym powodem było 15 kwestii, w tym bagatelizowanie eksterminacji Żydów w czasie II wojny światowej i obrona marszałka Philippe’a Pétaina. W lipcu tego samego roku obie decyzje zostały unieważnione sądownie z powodów proceduralnych. W sierpniu komisja dyscyplinarna partii zdecydowała o wykluczeniu go z ugrupowania. W następnym miesiącu powołał własne stowarzyszenie polityczne Rassemblement bleu blanc rouge. Mandat posła do PE wykonywał do końca VIII kadencji w 2019.