Komórkami organizacyjnymi komendy oddziału są: Wydział Graniczny; Wydział Operacyjno-Śledczy; Wydział do Spraw Cudzoziemców; Wydział Organizacji i Promocji; Wydział Łączności i Informatyki; Wydział Kadr i Szkolenia; Pion Głównego Księgowego; Wydział Techniki i Zaopatrzenia; Wydział Zabezpieczenia Działań; Wydział Ochrony Informacji; Wydział Nadzoru i Kontroli; Służba Zdrowia Nadbużańskiego Oddziału Straży Granicznej z siedzibą w Chełmie; Wydział Analiz, Informacji i Współpracy Międzynarodowej; Zespół Prasowy; Zespół Audytu Wewnętrznego.
Placówki Nadbużańskiego Oddziału Straży Granicznej: Placówka Straży Granicznej w Janowie Podlaskim Placówka Straży Granicznej w Kodniu Placówka Straży Granicznej w Dołhobrodach im. ppor. Jana Bołbotta Placówka Straży Granicznej we Włodawie im. gen. Nikodema Sulika Placówka Straży Granicznej w Zbereżu im. gen. Wilhelma Orlik-Rückemanna Placówka Straży Granicznej w Skryhiczynie im. gen. Jana Wojciecha Kiwerskiego Placówka Straży Granicznej w Kryłowie Placówka Straży Granicznej w Dołhobyczowie Placówka Straży Granicznej w Lubyczy Królewskiej im. płk. Wojciecha Wójcika (do 25.05.2026) Placówka Straży Granicznej w Ulhówku (od 26.05.2926) Placówka Straży Granicznej w Horodle im. mjr.