22 maja 2006 roku doszło do kolejnego dużego pożaru kościoła, w wyniku którego zawalił się dach, który oparł się na stropie kościoła, dzięki czemu nie zajęło się wnętrze świątyni. Zagrożoną zawaleniem wieżę kościoła uratowano. Uratowano większość zabytkowych przedmiotów – strażacy i policjanci wynieśli je z zalanego wodą kościoła do ratusza i Muzeum Narodowego. Ocalał też (aczkolwiek uszkodzony) carillon. Po pożarze dach kościoła został odbudowany, a wypalone drewno hełmu – wymienione.
Przeorem kościoła był do 2006 roku o. Łukasz Semik, następnie do 2012 roku o. Tadeusz Popiela. Później funkcję tę pełnił o. Bogdan Meger, a od 4 stycznia 2020 r. funkcję tę pełni o. Jarosław Pyzia.
W 2011 roku na wieży zamontowano jedyny na świecie zegar pulsarowy.
Carillon i dzwony lewo|mały|Dzwony carillonu Pierwszy carillon zamontowano w 1575 roku, a zdjęto w 1634 roku w trakcie wymiany zegara i dachu wieży.