2006 Na WEF2006 wystąpiły zarówno projekty o ekstremalnie eksperymentalnym charakterze, jak i te łączące elektroakustykę z jazzem. Dzięki współpracy z Etalabel wiele z nagrań live zostało zaprezentowanych na płycie składankowej z Warsaw Electronic Festival. Główne działania około festiwalowe to koncerty radiowe Future Sessions w Polskim Radio oraz cykl koncertów eksperymentalnych w klubie „Diuna”. Podobnie jak w ubiegłych latach WEF współpracował z Warsaw Summer Jazz Days prezentując projekty łączące dwa pozornie różne nurty: jazz i elektronikę. Koncerty tego cyklu odbyły się w dniach 9 oraz 19 lipca w warszawskiej „Królikarni”.
Wystąpili: An on Bast, Narzędzie, Dagiel, Krypton, Kerd, Mikołaj Harasimiuk, Radiev, Paweł Cieślak, Łukasz Lach, Radosław Bolewski, Ben Zeen, Maciej Ożóg, Ferma Nut, Milpop, Tomasz Pauszek, Looptroter, Send_Recv, Robert Jeszke, Michał Kolasiński oraz VJ PaniK.
Przy współpracy z Warsaw Summer Jazz Days wystąpili: Eta Carinae, Chmury, Philip Cathrine (WSJD), Lud Hauza, Grzesica/Masecki, Kronos Quartet (WSJD).