W 1795 roku Ferdinand Berthoud zostaje mianowany Członkiem rezydentem pierwszej klasy sekcji Sztuk Mechanicznych Instytutu Narodowego (Instytut Francji). W momencie wybuchu Rewolucji przenosi się do Luwru, gdzie, pobierając państwowe wynagrodzenie, nie ustaje w pracy nad swoimi zegarami i kontynuuje nadzór nad chronometrami morskimi. Jednocześnie i ponad wszystko, jego wysiłki skupiają się na publikacji najważniejszego dzieła: Histoire de la Mesure du temps [Przyp. tłum. Historia pomiaru czasu], (1802).
17 lipca 1804 r. Ferdinand Berthoud, jako członek Instytutu Francji, otrzymuje od Napoleona tytuł Kawalera Legii Honorowej.
Dnia 20 czerwca 1807 roku, bezdzietny Berthoud umiera w wieku lat 80. Zostaje pochowany w Groslay, w dolinie Montmorency (departament Val d’Oise), gdzie stoi pomnik ku jego pamięci.
Kariera Ferdinanda Berthouda jest nadzwyczajna, podobnież jak okresy historyczne, w jakich przyszło mu żyć: od epoki Oświecenia, poprzez Rewolucję, po I Cesarstwo Francuskie.