Z końcem średniowiecza interpretacja mariologiczna zaczęła tracić swoich zwolenników. Ze względu na racje egzegetyczne przeciwstawili się jej: Erazm z Rotterdamu, F. Ribera, L. Alcasar i C. a LapideL. Stefaniak, Interpretacja 12 rozdziału Apokalipsy św. Jana w świetle historii egzegezy, Poznań 1957, s. 68–69.. Ribera twierdził, iż jest ona możliwa tylko po uwzględnieniu sensu alegorycznegoF. Ribera, In sacram Beati Joannis Apostoli et Evangelistae Apocalypsim, Antverpiae 1593, s. 63.. Powstały w XVI wieku protestantyzm zwalczał mariologiczną interpretację. Jednym z nielicznych stosujących w owym czasie tę interpretację, był C. de Mello, a argumentował ją tym, że Maria stanowi najdoskonalszą część Kościoła. Z jego odejściem katolicka egzegeza o tej interpretacji niemal całkowicie zapomniała. Przypomniano ją ponownie w połowie wieku XIX, a stało się to w znacznej mierze dzięki M. J. Scheebenowi, który jednak stosował raczej interpretację maryjno-eklezjologiczną aniżeli mariologicznąM. Scheeben, Dogmatik, III, 616 f., cyt. za: Peter Ketter, op. cit., S. 188.. Ale wzrost jej znaczenia trwał zbyt krótko, by mogła zdążyć zdominować całkowicie katolicką egzegezę.