Wskutek tego Shirra, Eisle i Cunningham stali się załogą rezerwową misji Apollo 1.

Po tragicznym, mającym miejsce 27 stycznia 1967 roku, pożarze Apollo 1 w trakcie testów na wyrzutni i śmierci załogi, pierwotny plan lotów został odwołany. 9 maja 1967 roku grupa Shirry otrzymała nowy przydział – misję Apollo 7, która de facto była pierwszą wyprawa załogową przeprowadzoną na statku typu Apollo. Jej start odbył się 11 października 1968 roku. Najważniejszym zadaniem stojącym przed astronautami było przetestowanie możliwości nowego statku załogowego (którym Amerykanie mieli polecieć na Księżyc) w warunkach realnego lotu kosmicznego. Na pokładzie statku u Shirry, a następnie u Eisele'ego, wystąpiły silne objawy przeziębienia. Obciążeni licznymi zadaniami astronauci zaczęli okazywać irytację i wielokrotnie dochodziło do sprzeczek między nimi a kontrolą lotu. W pewnym momencie wręcz odmówili wykonywania poleceń z Ziemi. W efekcie, po powrocie z orbity zostali wycofani ze składu osobowego programu Apollo i żaden z nich już nigdy nie poleciał w kosmos.