Zapalnik został ustawiony na cztery godziny, kiedy samolot miał znajdować się nad oceanem podczas swojego drugiego odcinka lotu z Cebu City do Tokio.
Yousef umieścił bombę w kamizelce ratunkowej pod siedzeniem 26K, a następnie kolejny raz się przesiadł. W starszych typach tego samolotu, miejsce 26K znajduje się bezpośrednio nad głównym zbiornikiem paliwa, ale ten lot był obsługiwany przez inną maszynę i miejsce to znajdowało się dwa rzędy przed zbiornikiem. Yousef wraz z innymi pasażerami wysiadł na lotnisku w Cebu City, a samolot wypełnił się nowymi 256 pasażerami lecącymi już bezpośrednio do Tokio.
Po 38 minutach lotu, mechanizm zegarowy zadziałał i doszło do eksplozji, która zabiła 24-letniego pasażera z miejsca 26K oraz raniła 10 innych osób siedzących w pobliżu fatalnego miejsca. Wybuch spowodował zapadnięcie się podłogi w miejscu eksplozji oraz uszkodził przewody odpowiedzialne za sterowanie samolotem. Z powodu faktu, że miejsce 26K nie znajdowało się nad zbiornikiem, nie doszło do zapalenia się paliwa. Również poszycie samolotu nie zostało przerwane i nie doszło do dekompresji.
Bezpośrednio po eksplozji piloci zdecydowali się na lądowanie awaryjne na wyspie Okinawa.