Po II wojnie światowej W związku ze zmianą granic państwowych po II wojnie światowej struktury Rumuńskiego Kościoła Prawosławnego na Bukowinie i w Mołdawii (Metropolia Besarabii) zostały włączone do Rosyjskiego Kościoła Prawosławnego. W 1948 władze socjalistycznej Rumunii zlikwidowały również Rumuński Kościół Greckokatolicki, włączając jego struktury do Kościoła prawosławnego. Po przejęciu pełni władzy w kraju komuniści rumuńscy naśladowali w swojej polityce wyznaniowej model radziecki. Rumuński Kościół Prawosławny został poddany prześladowaniom, władze dążyły do tego, by usunąć z niego duchownych o opozycyjnych poglądach. Do obozów pracy trafiło od 300 do 500 duchownych prawosławnych, trzech biskupów zostało zamordowanych, trzynastu – uwięzionych. Po śmierci patriarchy Nikodema w 1948 władze doprowadziły do wyboru na jego następcę metropolity Mołdawii Justyniana, całkowicie uległego wobec rządu. W tym też roku prześladowania zostały przerwane.