Faworyzowane przez partię środowisko historyków warszawskich (bezpartyjnych lub partyjnych młodszego pokolenia, wśród nich Witold Kula) utrąciło kandydaturę Gąsiorowskiej na dyrektora IH PAN. Mediewiści Aleksander Gieysztor, Marian Małowist i Manteuffel zarzucili jej w notatce dla prezydenta Bieruta „brak umiejętności harmonijnej współpracy z kolegami” podczas kierowania PWSP w Łodzi. W rezultacie rola dyrektora IH PAN przypadła Manteufflowi; kierowana przez niego Komisja Programowa przekształciła się w Komisję Organizacyjną IH PAN, a ta w pierwszą dyrekcję Instytutu. Z utworzeniem IH PAN w 1953 r. Gąsiorowska otrzymała natomiast funkcję przewodniczącej Rady Naukowej Instytutu, do której nie weszli inni przedstawiciele środowiska łódzkiego. Została także prezeską Zarządu Głównego w marginalizowanym wówczas PTH (1953–1956). W swoim pierwszym wystąpieniu na czele Rady Naukowej IH PAN zaapelowała o intensyfikację badań nad dziejami najnowszymi, unikanych przez środowisko historyczne z powodu upolitycznienia nauki.