Uczestniczył w organizowanych przez Stefana Bratkowskiego seminariach Konwersatorium „Doświadczenie i Przyszłość”, współtworząc Raport o stanie Rzeczypospolitej i drogach wiodących do jej naprawy.

W okresie wydarzeń sierpniowych w 1980 był sygnatariuszem skierowanego do władz komunistycznych apelu 64 naukowców, literatów i publicystów o podjęcie dialogu ze strajkującymi robotnikami. Wstąpił następnie do „Solidarności”, uczestniczył w I Krajowym Zjeździe Delegatów w Gdańsku. W 1980 wszedł w skład władz Stowarzyszenia Dziennikarzy Polskich. Był doradcą Regionu Mazowsze NSZZ „S”, który zlecił mu skompletowanie zespołu redakcyjnego nowego informacyjnego pisma związkowego.

5 listopada 1981 otrzymał od Zarządu Regionu Mazowsze NSZZ „S” nominację na redaktora naczelnego „Tygodnika Mazowsze”, który miał być pismem legalnym i cenzurowanym, o planowanym nakładzie 250 tys. egzemplarzy. W drugim tygodniu grudnia, po kilku tygodniach intensywnej pracy nad pierwszym numerem, w której jego głównymi współpracownikami byli Marek Rapacki i Tomasz Sypniewski, Jerzy Zieleński został hospitalizowany w lecznicy rządowej przy ul. Hożej w Warszawie. 12 grudnia wydanie było gotowe do druku;