21 stycznia 1945 został wybrany na pierwszego po trzydziestoletniej przerwie egzarchę Bułgarii (od śmierci Józefa w 1915 Kościół był kolegialnie zarządzany przez Synod). W miesiąc po tym wydarzeniu patriarcha konstantynopolitański Beniamin oficjalnie uznał autokefalię Cerkwi bułgarskiej, przestając traktować ją jako schizmatycką z uwagi na okoliczności powstania Egzarchatu Bułgarskiego.
We wrześniu 1948 Stefan (Szokow) został zmuszony przez władze komunistyczne do odejścia w stan spoczynku. O jego odejściu przesądził sam Synod Cerkwi Bułgarskiej, przede wszystkim metropolita wraczański Paisjusz. Biskupi zazdrościli Stefanowi autorytetu i popularności i sami oskarżyli go o sympatyzowanie z Wielką Brytanią i USAT. Czekalski: Bułgaria. Warszawa: TRIO, 2010, ss. 215–217. ..
Usunięty z urzędu, zamieszkał we wsi Bania. Przebywał tam do swojej śmierci w 1957. Został pochowany w monasterze Zaśnięcia Matki Bożej w Baczkowie. Po jego usunięciu z urzędu nie wybrano nowego egzarchy, a zarząd Kościoła ponownie objął kolegialnie Święty Synod z metropolitą dorostolsko-czerweńskim Michałem jako przewodniczącymP. Ramet: Religion and Nationalism in Soviet and East European Politics. Durham: Duke University Press, 1984, s. 191.