3 kwietnia 1969 Władimir Gundiajew złożył śluby mnisze przed metropolitą leningradzkim i nowogrodzkim Nikodemem i przyjął imię zakonne Cyryl, na cześć św. Cyryla Oświeciciela Słowian. Cztery dni później został wyświęcony na hierodiakona, a 1 czerwca 1969 na hieromnicha. W tym czasie był już studentem Leningradzkiej Akademii Duchownej, którą w 1970 ukończył z wyróżnieniem.
Jego starszy brat Nikołaj (1940–2021) również był kapłanem prawosławnym, proboszczem parafii Przemienienia Pańskiego w Petersburgu oraz wykładowcą patrologii w Petersburskiej Akademii Duchownej. Natomiast jego młodsza siostra Jelena kieruje jako dyrektor prawosławnym gimnazjum w Petersburgu.
Duchowny Bezpośrednio po ukończeniu studiów został wykładowcą teologii dogmatycznej w Leningradzkiej Akademii Duchownej i seminarium duchownym w tym samym mieście oraz pomocnikiem inspektora szkół duchownych w Leningradzie. Pełnił również funkcję osobistego sekretarza metropolity leningradzkiego Nikodema i działał w młodzieżowej organizacji prawosławnej Syndesmos.
12 września 1971 otrzymał godność archimandryty. Według jego własnych wspomnień w czasie pracy duszpasterskiej w Leningradzie potajemnie ochrzcił wielu członków KPZR.