Następnie od 2003 współprzewodniczył Grupie Roboczej ds. współpracy między Rosyjską Cerkwią Prawosławną i Ministerstwem Spraw Zagranicznych. Uczestniczył w opracowywaniu projektów ustaw o wolności wyznania (1990) oraz o wolności sumienia i o związkach wyznaniowych (1997).
Szczególnym obszarem jego zaangażowania pozostawały relacje między autokefalicznymi Kościołami prawosławnymi oraz ruch ekumeniczny (w szczególności z Kościołem katolickim). Cyryl (Gundiajew) uczestniczył w konsultacjach teologicznych poprzedzających zwołanie soboru panprawosławnego. Wielokrotnie reprezentował Patriarchat Moskiewski w czasie pielgrzymek i wizyt zagranicznych. W kwietniu 2005 reprezentował Rosyjski Kościół Prawosławny na pogrzebie papieża Jana Pawła II i na inauguracji jego następcy Benedykta XVI. W latach 90. XX wieku i w pierwszych latach XXI stulecia brał udział w rozmowach między Rosyjskim Kościołem Prawosławnym a Patriarchatem Konstantynopolitańskim dotyczących sytuacji jurysdykcyjnej Kościoła prawosławnego w Estonii oraz w rozmowach z Rumuńskim Kościołem Prawosławnym dotyczących organizacji Kościoła w Mołdawii.