W latach 1588–1598 urząd proboszcza pełnił ks. Piotr Stosius, a jego następcą został ks. Łukasz Wenzelius, sprawujący obowiązki w latach 1600–1626. Podczas jego kadencji, w latach 1604–1608 wybudowano kościół Świętej Trójcy, jako upamiętnienie ofiar epidemii dżumy w 1599.
Na skutek wybuchu wojny trzydziestoletniej, Bielsko przyjęło uchodźców wyznania ewangelickiego pochodzących z tereny Czech. Razem z nimi do miasta przyjechał ks. Jerzy Trzanowski, pełniący posługę w parafii w latach 1625–1627.
Kontrreformacja Po śmierci księżnej Elżbiety Lukrecji w 1653, władza w księstwie przeszła w ręce Habsburgów, będących wyznawcami katolicyzmu. 15 kwietnia 1654 komisja cesarska udała się do Bielska, aby przejąć kościół Świętej Trójcy, co w wyniku oporu mieszkańców uczyniono wchodząc przez okno do świątyni. Zezwolono jedynie na pochówki zmarłych na dotychczasowym cmentarzu.