Po interwencji UEFA, grożącej wyrzuceniem angielskich klubów ze wszystkich międzynarodowych rozgrywek, Anglicy nominowali ostatecznie trzy słabsze zespoły, z których żaden nie dostał się do dalszej fazy Pucharu, m.in. dlatego, że wystawiały one rezerwowy skład (z tego powodu Tottenham Hotspur przegrał 0:8 mecz z 1. FC Köln). W późniejszych latach UEFA zgodziła się na rezygnację klubów z udziału w tym turnieju.

Z drugiej strony, wiele zespołów po sukcesie w Intertoto osiągało bardzo dobre wyniki w Pucharze UEFA. Dwóch spośród trzech zwycięzców sezonu 2004/05 rok później grało już w Lidze Mistrzów.

Zwycięzcy rozgrywek 1961–1966 1961

AFC Ajax – Feyenoord 4:2

1962 1962/63 Slovnaft Bratysława – Padova Calcio 1:0

1963 1963/64 Slovnaft Bratysława – Polonia Bytom 1:0 * * – rozegrano tylko jeden mecz finałowy

1964 1964/65 Polonia Bytom – Lokomotive Lipsk 5:4

1965 1965/66 Lokomotive Lipsk – IFK Norrköping 4:1

1966 1966/67 Eintracht Frankfurt – Inter Bratysława 4:3

1967 – 1994 W latach 1967–1994 odbywały się jedynie rozgrywki grupowe, bez finałów.

1995 – 2005 W 1995 roku rozegrano dwa równorzędne spotkania finałowe, od 1996 – trzy.

Podano łączne wyniki dwumeczów.

1995 RC Strasbourg – Wacker Tyrol 7:2 FC Girondins de Bordeaux – Karlsruher SC 4:2