Kościół i zabudowania zborowe w Wielkanocy zostały splądrowane w 1655 przez wojska Karola X Gustawa podczas potopu szwedzkiego. W lipcu 1656 nieruchomości stanowiące majątek zboru zostały podpalone przez podburzony tłum, w późniejszym czasie zostały jednak odbudowane.
Kaplica w Łuczanowicach została zamknięta w 1687 dla publicznych nabożeństw na mocy wyroku sądu, w którym odnoszono się do przepisu z 1632, zakazującego otwierania nowych zborów. Od tego czasu nabożeństwa w kaplicy prowadzono tylko dla członków rodziny Żeleńskich, a w późniejszym czasie została ona połączona z budynkiem łuczanowickiego dworu. W 1692 pomimo zakazu sądowego, na terenie wsi odbył się pogrzeb burgrabi Stanisława Żeleńskiego. Udział wzięli w nim przedstawiciele krakowskiej szlachty, a nabożeństwo żałobne poprowadzili ks. Jan Petrozelin, ks. Stanisław Wartensius i lektor Krzysztof Złotnicki. Na skutek oskarżenia o próbę reaktywacji miejscowego zboru, zostali oni skazani na banicję.
20 kwietnia 1768 w kościele w Wielkanocy ślub wzięli Maurycy Beniowski i Anna Zuzanna Hönsch.