W połowie XVI w. w Nowym Sączu wśród protestantów dominowali ewangelicy wyznania augsburskiego (luteranie); to w tym mieście odbył się zjazd małopolskich luteran 8.02.1558 r.H. Merczyng, Senatorzy i dygnitarze ewangeliccy i arianie, Warszawa 1905, s. 21. A znacząca większość sądeckich posłów i kasztelanów była wyznania ewangelickiego.
Konwersje na arianizm i kontrreformacja Na początku XVII w. rozpoczyna swą działalność Stanisław Farnowski - wyznawca dyteizmu. W Nowym Sączu działalność zaczyna ariański zbór i szkoła, a miejscem sprawowania nabożeństw staje się sądecki zamek.
Zburzenie ewangelickiego kościoła w Krakowie w 1591 roku uważa się za punkt zwrotny w dziejach polskiego protestantyzmu. Rozpoczyna się wzmożona akcja kontrreformacyjna, a kolejne polskie, ewangelickie parafie Sądecczyzny stopniowo zostają zlikwidowane - „Na lada pozew, o lada co skazywano szlachtę kalwińską na grzywny, plebeljuszów tego wyznania na infamię, więzienie, a nawet śmierć”J. Łukaszewicz, Dzieje Kościołów wyznania helweckiego w Małej Polsce, Poznań 1853, s. 297.. Z blisko stu sądeckich parafii ewangelickich okres kontrreformacji przetrwały dwie - Jodłówka, inaczej Szczepanowice (rok upadku 1809M. Wajsblum, Ex Regestro Arianisimi – Szkice z dziejów upadku protestantyzmu w Małopolsce, Kraków 1948, s. 49.