W 1888 dworzec połączono z centrum miasta linią tramwajową wzdłuż ulicy Dworcowej, początkowo o trakcji konnej, a od 1896 elektrycznej. W 1889 urzędnicy Dyrekcji Kolei opuścili budynki dworca, przenosząc się do nowo zbudowanego, reprezentacyjnego gmachu przy ul. Dworcowej.
Odbudowa budynku dworcowego w latach 1910–1915 W 1910, po pożarze dworca, przystąpiono do jego odbudowy w formie nowego gmachu. Odbudowę zakończono w 1915 rokuCzajkowski Edmund: 134 bydgoskiego węzła kolejowego. [w.] Kalendarz Bydgoski 1985. Nowy budynek był masywnym, prostopadłościennym gmachem krytym dachem namiotowym. W kubicznej wieży pośrodku dachu zlokalizowano duży zegar. Na placu przed dworcem nadal zachowano ozdobny zieleniec, który stanowił wizytówkę miasta dla przyjezdnych. Został on przebudowany w 1926, zyskując bardziej reprezentacyjną formę. W takiej formie budynek dworca przetrwał okres międzywojenny i II wojnę światową. W latach 1936–1937 w miejscu dawnego Urzędu Ekspedycji Pocztowej (ul. Zygmunta Augusta 3) zbudowano Urząd Pocztowy Bydgoszcz 2według projektu Putermana-Sadłowskiego.