Jan Makowski zasłynął z umiejętności szermierczych. Jego bratem był kalwiński lekarz i senior lubelskiej parafii kalwińskiej, Samuel Makowski, skazany w 1633 przez Trybunał Lubelski na karę śmierci, zamienioną na publiczną pokutę, za udział w obronie zboru podczas tumultu w 1633 roku. Trzeci z braci, Maciej, był przez pewien czas rektorem gimnazjum kalwińskiego w Bełżycach.

Twórczość Makowski był głównym twórcą i przedstawicielem filozofii scholastycznej kalwinizmu. Filozoficznie opracował argumenty broniące kalwińskiej ortodoksji i tworzące jej teologię. Był reprezentantem nurtu kalwinizmu, starającego się łączyć argumenty rozumowe z wiarą religijną.

Początkowo, w 1616, został oskarżony przez Lubbertusa o brak ortodoksji kalwińskiej. Zarzuty wobec jego nauczania zostały zredagowane w 50 punktach. Zasadnicze kwestie dotyczyły doktryny predestynacji. Zarzuty były rozpatrywane przez synod w Dordrechcie (13 listopada 1618 – maj 1619). Synod uwolnił Makowskiego od zarzutów, wskazując, że błędy nie były jego poglądami, lecz wynikiem niejasnych pojęć i obcych teologii określeń.

Dzieła Makowski pisał po łacinie. Większość jego dzieł wydana została pośmiertnie.