W 1927 poparł deklarację lojalności Kościoła wobec władz radzieckich wydaną przez locum tenens Patriarchatu Moskiewskiego Sergiusza (Stragorodskiego).
W 1930 otrzymał nominację na arcybiskupa biełgorodzkiego, jednak władze radzieckie uniemożliwiły jego wyjazd do Biełgorodu. W związku z tym w 1931 mianowano go wikariuszem eparchii wiackiej z tytuł arcybiskupa kotielnickiego. W 1934 wyznaczony do objęcia zarządu eparchii gorkowskiej, otrzymując równocześnie godność metropolity.
Według informacji zgromadzonych przez metropolitę Manuela (Lemieszewskiego), metropolita Eugeniusz zarządzał eparchią gorkowską jedynie przez niecały rok i został uwięziony już jako metropolita senior. Według innych danych w maju 1935, tj. w momencie aresztowania przez NKWD, duchowny pozostawał ordynariuszem eparchii. 5 maja 1935 metropolitę Eugeniusza oskarżono o prowadzenie agitacji kontrrewolucyjnej, zaś 9 lipca tego samego roku także o kierowanie organizacją kontrrewolucyjną. Ponadto zarzucono mu, iż w dniu państwowego Święta Pracy 1 maja, które w 1935 zbiegło się z obchodami prawosławnej Paschy, odprawił Świętą Liturgię o takiej godzinie, by umożliwić wiernym zniechęcanie innych mieszkańców miasta do uczestnictwa w pochodzie pierwszomajowym, sam zaś przejechał przez tłum demonstrantów na koniu, w biskupim kłobuku. Duchowny nie przyznał się do winy.