W 1938 proboszcz Zirkwitz przeszedł na emeryturę, a na stanowisku zastąpił go ks. Benno Adolf Kraeter, nastawiony proniemiecko. Był on zwolennikiem powołania oddzielnego kościoła ewangelickiego na terenie Polski, skupiającego niemieckich wiernych. Jego postawa nasilała konflikty na tle narodowościowym wewnątrz parafii.
II wojna światowa 15 września 1939 do miasta wkroczyły wojska niemieckie, natomiast 22 września 1939 – radzieckie. Większość niemieckich mieszkańców miasta w liczbie ok. 2000 osób wyjechała na przełomie 1939 i 1940 roku. 3 stycznia 1940 miało miejsce ostatnie spotkanie Rady Parafialnej, a parafia zakończyła działalność. Pozostało ok. 1000 ewangelików, którzy wszyscy przez władze radzieckie ze względu na swoje wyznanie traktowani byli jako Niemcy. W celu uniknięcia deportacji na Syberię lub do Kazachstanu, część z nich zdecydowała o zmianie wyznania na katolicyzm.
Kościół ewangelicki w Supraślu został zdewastowany przez radzieckich żołnierzy w 1939, a następnie zamieniony na kino Krasnyj Ugolok.