W 1951 powołany został komitet odbudowy kościoła. W okresie tym parafia mrągowska liczyła około 4000 wiernych, jednak pod jej opieką znajdowało się w sumie 8378 osób, ponieważ administrowała ona również parafiami w Baranowie (1413 wiernych), Szestnie (1275 wiernych), Nakomiadach (1051 wiernych) i Użrankach (639 wiernych). W marcu 1952 sama parafia mrągowska skupiała 4250 członków.
Na terenie miasta działalność rozpoczęli prowadzić metodyści, którzy w 1951 uruchomili swoją kaplicę w budynku przy ul. 8 Maja 15, o pozyskanie którego starania prowadziła parafia ewangelicka. W celu ograniczenia rozprzestrzeniania się tego wyznania w pobliskich miejscowościach, w sierpniu 1953 Referat do Spraw Wyznań w Mrągowie zakazał prowadzenia nabożeństw misyjnych w domach prywatnych. W maju 1954 na mocy decyzji Urzędu do Spraw Wyznań przy Wojewódzkiej Radzie Narodowej w Olsztynie metodystom zakazano działalności na terenie Mrągowa, a funkcjonujący tu zbór tego wyznania, liczący około 600 osób, przeszedł do Kościoła Ewangelicko-Augsburskiego wraz ze swoimi duszpasterzami.