W czasie II wojny światowej budynek kościoła został przekształcony w stajnię dla wojska radzieckiego. Po zakończeniu wojny do 1947 nabożeństwa w Łęgutach były prowadzone przez hrabiego Hansa von Lehndorffa, działającego w okresie III Rzeszy w Kościele Wyznającym. Administrację nad zborem przejęła parafia w Olsztynie z proboszczem Edmundem Friszke, a łęguckimi wiernymi opiekowała się w latach 1947–1948 diakon Irena Goller. W 1948 parafia liczyła 335 wiernych.
W okresie od sierpnia 1952 do maja 1954 administratorem parafii pozostawał ks. Edward Busse z parafii Mańki. W 1954 łęgucka parafia liczyła 350 wiernych, a w połowie ten roku administracja nad zborem przeszła z powrotem w ręce ks. Friszke. W pracy duszpasterskiej w Łęgutach wspierany był do marca 1957 przez dk. Horsta Golluba.
Po 1956 nastąpił spadek liczby członków zboru, związany między innymi z wyjazdami w ramach akcji łączenia rodzin. W latach 1957–1959 parafia ponownie obsługiwana była przez duszpasterza parafii w Mańkach, ks. Józefa Kułaka.