W latach 1704–1749 stanowisko proboszcza pełnił ks. Johann Linckner, który zajmował się pracą misyjną pośród katolickiej ludności osiedlającej się na terenie miasta, nie posiadającej własnych duszpasterzy.
Na początku XX wieku do parafii należało około 7000 wiernych, z czego 1% posługiwał się językiem polskim. W latach 1902–1903 powstał nowy budynek plebanii. W 1912 zaprzestano organizowania polskich nabożeństw. W latach 20. XX wieku miasto wraz z okolicznymi miejscowościami zamieszkiwało 12 100 luteran.
Po II wojnie światowej świątynię ewangelicką przejął kościół rzymskokatolicki, od 1946 jest ona w posiadaniu oblatów. W efekcie wysiedleń doszło również do spadku ilości parafian. Część miejscowych ewangelików weszła ponadto w struktury Kościoła Metodystycznego.
W związku z brakiem własnej świątyni, 1 listopada 1947 na mocy decyzji Ministerstwa Ziem Odzyskanych na rzecz ewangelików przekazany został, nieużytkowany wobec wybudowanej w 1933 nowej świątyni, stary kościół rzymskokatolicki Niepokalanego Poczęcia Najświętszej Marii Panny. Luteranie od około 1949 utworzyli osobny zbór Kościoła Ewangelicko-Augsburskiego, nad którym opiekę sprawowała parafia w Olsztynie z ks. Edmundem Friszke.