W 1921 parafia suwalska liczyła 2794 wiernych, posiadała ponadto filiały w Augustowie z 205 wiernymi oraz w Sejnach, do którego należało 313 członków. Przed wybuchem II wojny światowej liczba członków wzrosła do ok. 4500, licząc razem z filiałami. Od 1925 stanowisko proboszcza objął ks. Wilhelm Borkenhagen, które piastował do 1943.
W 1941 władze okupacyjne uznały wszystkie osoby wyznania ewangelickiego za Niemców i zmusiły do podpisania Volkslisty. Osoby niezgadzające się na to były wysiedlane na terytorium Generalnego Gubernatorstwa bądź więzione.
Po zakończeniu II wojny światowej w 1945 budynek ewangelickiego kościoła został przejęty przez wiernych kościoła rzymskokatolickiego. Na skutek wysiedleń nastąpił również znaczny spadek liczby członków parafii. W 1947 Suwałki zamieszkiwało 101 ewangelików.
Życie religijne było tu na nowo organizowane przez ks. Baertoldta Rückerta z parafii w Piszu, który prowadził pierwsze powojenne nabożeństwa.
Na mocy decyzji sądu, kościół św. Trójcy w Suwałkach został w 1952 zwrócony ewangelikom bez wyposażenia, natomiast świątynia w Sejnach pozostała katolicka. Pierwsze nabożeństwo w odzyskanym suwalskim kościele zostało poprowadzone przez ks. Rückerta 22 czerwca 1952.