W momencie tym parafia liczyła 1368 wiernych, natomiast do 1958 liczba ta spadła do 908 osób.
W 1959 przeprowadzona została odbudowa garażu. Wszystkie budynki parafialne zostały wówczas jednak przejęte przez Prezydium Miejskiej Rady Narodowej w wyniku uznania ich za „poniemieckie majątki kościelne”, a od września 1959 parafia za ich użytkowanie zmuszona była opłacać „tenutę dzierżawną”.
W październiku 1963 ks. Alfred Jagucki opuścił Szczytno w wyniku przyjęcia stanowiska proboszcza parafii w Cieszynie. Administrację nad parafią w Szczytnie objął wówczas proboszcz parafii w Wielbarku, ks. Henryk Ćmok. 19 stycznia 1964 dokonano jego wyboru na proboszcza parafii szczycieńskiej i pełnił on ten urząd do końca 1969. Od 1 stycznia 1970 proboszczem-administratorem został senior diecezji mazurskiej ks. Paweł Kubiczek, który 26 kwietnia 1970 został wybrany kolnym proboszczem.
Zgodnie z ankietą wysłaną do Konsystorza przez proboszcza w maju 1970 parafia w Szczytnie użytkowała kościół i kaplicą zlokalizowaną w Szczytnie, a tutejszy zbór liczył wówczas 400 wiernych.