W barwach tego zespołu, którego został także kapitanem, zdobył kolejnych pięć mistrzostw kraju.
Piłkarską karierę zakończył na początku 2011 roku; w meczu ligowym z Larissą (6:0), rozegranym 17 kwietnia, w ostatniej minucie zmienił Balázsa Megieriego.
Kariera reprezentacyjna W reprezentacji Grecji, w której barwach rozegrał 90 meczów, zadebiutował 18 sierpnia 1999 roku w spotkaniu towarzyskim z Salwadorem, kiedy w drugiej połowie zastąpił Eliasa Atmatzidisa.
Mimo bycia rezerwowym w Panathinaikosie został pierwszym bramkarzem drużyny, która prowadzona przez Niemca Otto Rehhagela wystąpiła na Euro 2004. Grecy po zwycięstwie między innymi nad Portugalią (2:1 i 1:0), obrońcami mistrzowskiego trofeum Francuzami (1:0) oraz Czechami (1:0) zdobyli złoty medal. Wielu komentatorów podkreślało, że najmocniejszą stroną greckiej jedenastki była żelazna dyscyplina i efektywna gra w defensywie. Nikopolidis, który przepuścił cztery gole, został wybrany do najlepszej jedenastki mistrzostw.