Praca J.D. zaczyna pracować jako stażysta, a po roku staje się rezydentem, następnie lekarzem chorób wewnętrznych, a w końcu szefem stażystów. W szpitalu Sacred Heart (Świętego Serca) pracuje już wtedy dr Perry Cox (John C. McGinley), który odnosi się do J.D. używając różnych pseudonimów, w tym całej serii imion żeńskich. Dorian uznaje jednak dra Coxa za swojego mentora, czemu stanowczo sprzeciwia się Cox. Lekarz wstydzi się do tego przyznać, jednak lubi J.D., a nawet dba o niego i uznaje go za dobrego lekarza, służąc swoją radą w kilku przypadkach. W odcinku "Mój upadły idol", J.D. początkowo odmawia wizyty u Coxa w mieszkaniu, gdy ten ostatni przeżywa załamanie po śmierci trzech pacjentów w odcinku "Mój lunch". Dorian twierdzi, że nie podoba mu się, że Cox nie pojawia się w pracy, ale chodzi pijany. Później przyznał jednak, że wciąż patrzy na niego jak na bohatera. J.D. podziwia go za to, że po tylu latach pracy nadal zależy mu na pacjentach. Pod koniec odcinka, dzięki Dorianowi dr Cox (nazywa wyjątkowo J.D. po imieniu) przezwycięża ciężką depresję. Po awansie Coxa na dyrektora medycznego, lekarz często ma inne zdanie w sprawie szpitala niż J.D. Cox zmienia stosunek do dra Boba Kelso (Ken Jenkins), który był jego poprzednikiem, na zdecydowanie lepszy, w porównaniu do poprzednich sezonów.