W sezonie 9. Dorian staje się profesorem szkoły medycznej Uniwersytetu Winston zbudowanego na miejscu starego szpitala Najświętszego Serca. Na początku ma kłopoty z zaangażowaniem studentów. Serial w 9 sezonie budowany jest na nowym głównym bohaterze Lucy Bennet (Kerry Bishé), której opiekunem jest J.D. i doradza jej jako lekarz. W odcinku "Nasze historie" mówi jej jednak, że planuje przenieść się i ona musi znaleźć nowego opiekuna. W odcinku "Nasze tajemnice" opuszcza swoje stanowisko wykładowcy i przestaje być mentorem Lucy. Mówi jej, że musi nauczyć się funkcjonować na własną rękę. John Dorian po raz ostatni pojawia się w serialu w odcinku "Nasze sprawy stają się poważne".
Przyjaciele John Dorian często spędza czas z Chrisem Turkiem (Donald Faison), jego najlepszym przyjacielem i "zastępczym bratem", którego spotkał, gdy byli współlokatorami w akademiku College of William and Mary w Williamsburgu w Wirginii. J.D. jest jakby zaangażowany w związek z Turkiem i przechodzi przez pewne etapy depresji, gdy nie może być z nim. W pierwszym odcinki Turk proponuje, aby każdy z nich miał oddzielne mieszkanie. J.D. prowadzi monolog wewnętrzny, w którym uważa, że to głupi pomysł. Na końcu odcinka znów mieszkają jednak razem. Ich przyjaźń jest często przedstawiana jako kochające się małżeństwo.