W lutym 1946 za swoją działalność został jednak aresztowany i uwięziony przez Urząd Bezpieczeństwa, a następnie na skutek starań premiera Zdenka Fierlingera deportowany do Czechosłowacji.
W 1945 parafia liczyła około 150 wiernych, jednak po przyłączeniu tego regionu do Polski jej członkowie na podstawie kryterium wyznaniowego zostali uznani za Niemców i podlegali wysiedleniu. Większość zborowników wyjechała na tereny okupowanych przez aliantów Niemiec oraz do Czechosłowacji. Pozostali wobec braku duszpasterza do 1948 sami sprawowali nabożeństwa słowa, następnie zostali objęci opieką księży z parafii ewangelicko-augsburskiej w Kłodzku. W 1949 parafia w Pstrążnej włączona została w skład polskiego Kościoła Ewangelicko-Reformowanego.
Liczba członków parafii nieustannie zmniejszała się na skutek wyjazdów oraz śmierci starszych zborowników. W latach 70. kilkuletnią posługę w zborze pełnił duchowny Holenderskiego Kościoła Reformowanego.
Na początku lat 90. liczba członków zboru wynosiła kilkanaście osób. Nabożeństwa odbywały się 1-2 razy w miesiącu i prowadzone były przez ks. Mirosława Jelinka z parafii w Zelowie.