Początkowo Związkiem kierował Wydział Związku Strzeleckiego w składzie: Władysław Sikorski (prezes), Medard Downarowicz, Hoser, Mieczysław Konopacki, Aleksander Litwinowicz, Kazimierz Sosnkowski, Ostrowski, Gustaw Daniłowski, Rysiewicz, Hipolit Śliwiński. Faktycznie kierownictwo sprawował Wydział ZWC.
Od 1912 roku Związek Walki Czynnej przekształcił się faktycznie w centralizację organizacji strzeleckich. Miejsce Wydziału zajęła Komenda Główna Związków Strzeleckich z siedzibą we Lwowie na czele z komendantem Józefem Piłsudskim i szefem sztabu Kazimierzem Sosnkowskim.
Komendzie Głównej podlegały Komendy Okręgowe: w Krakowie (Galicja Zachodnia), Rzeszowie (Galicja Środkowa) i Lwowie (Galicja Wschodnia) oraz Komenda Królestwa Polskiego i Komenda Zagraniczna. Organizacje strzeleckie działające w zaborze pruskim i Królestwie Polskim pozostawały w konspiracji. W Galicji Związek Strzelecki organizował szkoły podoficerskie i oficerskie, mógł korzystać ze strzelnic wojskowych, odbywać ćwiczenia oraz kupować broń i amunicję. Jego członkami byli przedstawiciele wszystkich warstw społecznych, kierunków i partii politycznych (z wyjątkiem Socjaldemokracji Królestwa Polskiego i Litwy i Stronnictwa Polityki Realnej).