Dokument z 1527 wskazuje, iż przełożonym klasztoru był ihumen Cyryl, poza nim w monasterze przebywało co najmniej dwóch mnichów.
Kolejni właściciele Jabłecznej – Zabrzezińscy, Nassutowie, Bohowitynowiczowe, Boguszowie, Prońscy, Leszczyńscy, Sapiehowie, Kodeńscy – wspierali monaster materialnie. Drogą otrzymywanych nadań klasztor uzyskał 1400 ha ziemi uprawnej, lasów i łąk na obydwu brzegach Bugu. Szczególnymi dobroczyńcami monasteru były Teodora Andriejewna Bohowitynowicz z d. Sanguszko oraz jej córka Teodora Bohowitynowicz, po mężu Prońska, która pozostawała protektorką wspólnoty nawet po przejściu jej męża na katolicyzm.
Od zawarcia unii brzeskiej do upadku I Rzeczypospolitej mały|Krzyże przy klasztorze Mnisi z klasztoru w Jabłecznej nie przyjęli postanowień unii brzeskiej, klasztor stał się ośrodkiem oporu prawosławnych przeciwko jej wprowadzeniu. Do wspólnoty dołączali mnisi przeciwni unii z tych monasterów, które zdecydowały się ją zaakceptować. Do monasteru przeniósł się prawosławny biskup chełmski Paisjusz (Czerkawski), który przebywał w nim, pełniąc równocześnie funkcję przełożonego, do swojej śmierci w 1633. Po śmierci Paisjusza klasztor przez kilka lat pozostawał bez zwierzchnika.