Mimo nieustających prób rządu Bismarcka osłabienia wpływów partii Centrum i szczególnie jej przywódcy Windthorsta, Centrum stało się na początku lat osiemdziesiątych najsilniejszym ugrupowaniem politycznym w parlamentach niemieckich. Windthrost był zdecydowanym przeciwnikiem Kulturkampfu, który uznał za wytwór liberalnych profesorów. Całą politykę walki z katolicką kulturą nazwał "wojną profesorów przeciwko Kościołowi".
Pomimo prawie całkowitej utraty wzroku, aż do swojej śmierci w 1891 roku, Windthorst uczestniczył czynnie w życiu parlamentarnym. Cześć zmarłemu oddali oprócz rządu i parlamentu Rzeszy, przeciwnicy polityczni a także pośrednio cesarz niemiecki pozwalając m.in. na przejazd konduktu żałobnego przez środkowy łuk Bramy Brandenburskiej, zarezerwowany wyłącznie dla członków rodziny cesarskiej. Windthorst został pochowany w kościele Najświętszej Marii Panny w Hanowerze.
Polacy z punktu widzenia Windthorsta Windthorst o Polakach: "Całkowicie rozumiem, że Polacy zachowali w sercu przeszłość, miłość do ojczyzny, do rodziców, do historii. Byliby według mojej opinii ludźmi bez charakteru, gdyby tego nie czynili""Stenographische Berichte über die Verhandlungen des Preußischen Hauses der Abgeordneten XVI, 28 stycznia 1886, s.