„Chesapeake” po raz pierwszy wyszedł w morze 22 maja pod dowództwem komandora Samuela Barrona, znacząc wyjście z Norfolk salutem z 13 dział. Pierwszym zadaniem fregaty było przewiezienie pieniędzy z Charleston w Karolinie Południowej do Filadelfii. 6 czerwca okręt dołączył do eskadry patrolującej południowe wybrzeża Stanów Zjednoczonych i eskortując amerykańskie statki handlowe w Indiach Zachodnich.
1 stycznia 1801 roku, po trwającym 50 godzin pościgu, zmusił do poddania się 16-działowy francuski statek piracki „La Jeune Creole”, po czym wrócił 15 stycznia (wraz ze swym pryzem) do Norfolku. „Chesapeake” w lutym ponownie popłynął na krótko do Indii Zachodnich, wkrótce po ratyfikowaniem traktatu pokojowego z Francją. Wrócił do Norfolku 26 lutego i został odstawiony do rezerwy, bowiem nowy prezydent, Thomas Jefferson, uważał, że marynarka wojenna to kosztowna i bezużyteczna zabawa.
W wojnie z piratami