Po wojnie kontynuował wykłady (do 1953) z archeologii klasycznej i pradziejowej, historii sztuki i filologii klasycznej na UJ, pełnił także funkcję opiekuna Zakładu Archeologii Polski UJ. Po zwolnieniu z obozu (luty 1940) powrócił do Krakowa; w roku 1942 objął kierownictwo Muzeum Czartoryskich (zgodnie z wolą przedstawicieli rodziny Czartoryskich). Muzeum kierował w latach 1942–1951. W 1951 został z tego stanowiska usunięty, a spreparowane zarzuty spowodowały wkrótce także usunięcie z Uniwersytetu (1953). Zatrudniony został wówczas w Instytucie Historii Kultury Materialnej PAN, następnie w Zakładzie Archeologii Śródziemnomorskiej PAN, w latach 1955-1962 kierował Zakładem Archeologii Azji Przedniej. W 1945 został członkiem korespondentem PAU, rok później członkiem czynnym akademii. Brał udział w pracach także innych organizacji i towarzystw, m.in.