Ajax W 1981 roku został dostrzeżony przez scoutów Ajaxu Amsterdam. W pierwszym zespole Ajaxu zadebiutował – jako najmłodszy wówczas gracz w historii klubu – 3 kwietnia 1982 roku w meczu przeciwko NEC Nijmegen (wygrana 5-0), zastępując w 46. minucie Johanna Cruijffa i strzelając gola na 3-0. Był to jego jedyny seniorski występ w tamtym sezonie.
W sezonie 1982-83 wystąpił w 20 meczach ligowych (większość w wyjściowej jedenastce), strzelając w nich 9 goli. Wraz z Ajaxem sięgnął ponownie po tytuł mistrza Holandii, a w finale Pucharu Holandii jego drużyna ograła NEC Nijmegen 3-1.
W kolejnym sezonie (1983-84) Ajax nie wygrał żadnego turnieju, ale van Basten z 28 bramkami w 26 meczach został najlepszym strzelcem ligi holenderskiej. Zagrał także po raz pierwszy w karierze w europejskich pucharach (Puchar Mistrzów), ale jego drużyna okazała się słabsza od Olympiakosu Pireus. W sumie zanotował 31 bramek w 31 oficjalnych meczach Ajaxu. W meczu ligowym przeciwko Willem II (24 sierpnia 1983, wygrana 5-0) zdobył 4 gole, a w meczu z DS'79 (13 maja 1984, wygrana 7-2) – 5 bramek.