Wobec zagrożenia konfliktem zbrojnym w okresie mobilizacji 1939 został powołany do sztabu DOK nr VI we Lwowie. Po wybuchu II wojny światowej w okresie kampanii wrześniowej brał udział w obronie Lwowa. Po agresji ZSRR na Polskę z 17 września 1939 i kapitulacji miasta nie został wzięty do niewoli. Ostatecznie 10 kwietnia 1940 został aresztowany przez Sowietów. Był osadzony we lwowskim więzieniu Brygidki, a potem przeniesiony do więzienia w Kijowie, a finalnie zamordowany przez NKWD w tym samym roku. Jego nazwisko znalazło się na tzw. Ukraińskiej Liście Katyńskiej opublikowanej w 1994 (został wymieniony na liście wywózkowej 71/2-83 oznaczony numerem 199, dosłownie określony jako Henryk Józef Biller). Ofiary tej części zbrodni katyńskiej zostały pochowane na otwartym w 2012 Polskim Cmentarzu Wojennym w Kijowie-Bykowni.
Od 1928 był żonaty z Marią z domu Dubiniewicz (ur. 1903), która trzy dni po jego aresztowaniu została deportowana przez Sowietów w głąb ZSRR na ziemie kazachską. Oboje mieli syna Tadeusza (ur. 1923).