W czasach współczesnych Lucy i Desmond uciekają z Abstergo i dołączają do innych współczesnych asasynów – Shauna i Rebeki. Desmond powraca do animusa i przeżywa wspomnienia Ezia Auditorego da Firenze, młodego szlachcica z bogatej florenckiej rodziny. Gdy ojciec i bracia Ezia zostają zamordowani, ten przysięga pomścić ich śmierć i dowiedzieć się, jaki motyw doprowadził do tragedii. Ezio dowiaduje się o istnieniu asasynów i templariuszy, rozprawiając się z kolejnymi celami zamieszanymi w intrygę.
Bitwa o Forlì Pierwsze rozszerzenie uzupełniające wydarzenia z Assassin’s Creed II. Akcja gry rozgrywa się w mieście Forli, gdzie Ezio postanawia ukryć Jabłko. Niespodziewanie wojska Borgii atakują miasto. Ezio musi obronić je oraz ochronić Jabłko.
Stos próżności Drugie rozszerzenie do Assassin’s Creed II i kontynuacja Battle of Forli. Savonarola zdobył Jabłko i z jego pomocą objął władzę we Florencji. Ezio musi doprowadzić do rewolucji, by obalić go i odzyskać artefakt.
Assassin’s Creed II: Discovery Akcja gry toczy się w czasie wydarzeń przedstawionych w Assassin’s Creed II. Ezio wyrusza do Hiszpanii, by uratować Krzysztofa Kolumba.
Assassin’s Creed: Brotherhood
Bezpośrednia kontynuacja Assassin’s Creed II.