Rozwój pod wodzą al-Mahdiego (1859–1902) thumb|right|260px|Mapa wpływów bractwa Sanusijja około 1880 roku. Po śmierci założyciela w 1859 roku władzę przejął jego syn, Muhammad al-Mahdi as-Sanusi. Za jego czasów zawije zakonu rozprzestrzeniły się aż do Damaszku i Indii. Pod jego wodzą bractwo posiadało realną władzę polityczną na wschodniej Saharze i kontrolowało kluczowe szlaki handloweJohn L. Wright, Libya: A Modern History, 1982, s. 42.. W 1894 roku główna kwatera zakonu została przeniesiona do oazy Kufra, co miało uchronić bractwo przed atakiem osmańskim.
Walka z kolonializmem (1902–1917) thumb|right|150px|Omar Muchtar – legendarny dowódca partyzancki bractwa. Bractwo stawiło zacięty opór włoskiej kolonizacji Libii. Zbrojnemu oporowi przewodził Omar Muchtar, który stosował taktykę partyzancką aż do swojej egzekucji w 1931 rokuPhillip C. Naylor, North Africa, Revised Edition, 2015, s. 177.. Włoska administracja kolonialna, chcąc złamać opór bractwa, stosowała strategię głodzenia ludności i przymusowych przesiedleń do obozów koncentracyjnych, co doprowadziło do śmierci blisko jednej trzeciej populacji Cyrenajki.