Do końca 1998 roku Technikum Kolejowe podlegało resortowi Ministerstwa Transportu i Gospodarki Morskiej. Po reformie samorządowej, od 1 stycznia 1999 roku organem prowadzącym Technikum (wchodzące w skład Zespołu Szkół nr 1) stała się Gmina Kraków. W roku szkolnym 2000/2001 do Technikum dołączyły dwie nowe placówki, tj. Gimnazjum nr 73 i Gimnazjum Nr 1 dla Dorosłych z klasami przysposabiającymi do pracy. Wszystkie gimnazja w kraju zostały wygaszone wskutek reformy systemu oświaty z 2017.
Od września 2002 roku tradycje „kolejówki” przejęło Technikum Komunikacyjne, które kształci w następujących zawodach: technik telekomunikacji, technik elektronik, technik elektryk, technik mechanik, technik logistyk (od 1 września 2005 roku), technik informatyk (2006), technik pojazdów samochodowych (2009) oraz technik programista (2020).
21 listopada 2005 roku została podpisana umowa o współpracy ze szkołą węgierską Energettikkai Szakkozepiskola es Kollegium w Paks w ramach programu Leonardo da Vinci „Energia jądrowa i konwencjonalna – za i przeciw”.