Kapitanem wybrano Łukasza Trałkę, jego zastępcą Radka Mynářa, a oprócz nich do rady zespołu weszli także Marcin Baszczyński, Łukasz Piątek i Sebastian Przyrowski.
Zespół powrócił do kraju 20 lipca i trzy dni później rozegrał sparing z Podbeskidziem (pierwotnie rywalem miał być ŁKS).
Polonia otrzymała licencję na grę w Ekstraklasie 27 maja 2011 i sezon rozpoczął się dla niej 29 lipca, kiedy to rozegrana została pierwsza kolejka ligowa, w której Czarne Koszule pokonały Lechię Gdańsk 1:0. Sezon zakończył się 6 maja 2012 meczem wyjazdowym z Podbeskidziem Bielsko Biała.
W trakcie rozgrywek, 27 marca, został zwolniony trener Jacek Zieliński. Jego miejsce, następnego dnia, zajął Czesław Michniewicz. Po zakończeniu rozgrywek, ze względu na ogólną sytuację w klubie, ten trener także został zwolniony. Przygotowaniami do następnego sezonu zajął się Jarosław Bako, wcześniej trener bramkarzy ME.
11 października 2011 roku, w klubie, zatrudniono byłego reprezentanta kraju Włodzimierza Lubańskiego na stanowisku dyrektora do spraw sportowych.