W 1998 był zawodnikiem Coritiby FC i Botafogo FR. W 1999 występował w SC Corinthians Paulista, z którym zdobył mistrzostwo Brazylii oraz mistrzostwo stanu São Paulo – Campeonato Paulista. W 1999 wyjechał do Portugalii, gdzie został zawodnikiem Sportingu CP. Ze Sportingiem dwukrotnie zdobył mistrzostwo Portugalii w 2000 i 2002, Puchar Portugalii w 2001 oraz dwukrotnie Superpuchar Portugalii w 2000 i 2002. W sezonie 2003–2004 był zawodnikiem tureckiego Galatasaray SK. W 2004 powrócił do Brazylii i został zawodnikiem Figueirense FC. W 2005 trafił na dwa lata do Włoch, gdzie występował w AS Livorno Calcio i A.C. ChievoVerona.
Po powrocie do Brazylii ponownie grał Figuerense. W 2008 występował w Clube Atlético Mineiro. W Atlético Mineiro 7 grudnia 2008 przegranym 0-2 meczu z Grêmio Porto Alegre Grêmio Porto Alegre po raz ostatni wystąpił w lidzehttp://futpedia.globo.com/campeonatos/campeonato-brasileiro/2008/12/07/gremio-2-x-0-atletico-mg Ostatni mecz w lidze.. Ogółem w latach 1995–2008 w lidze brazylijskiej wystąpił w 125 meczach, w których strzelił 12 bramek. Ostatnim klubem w karierze Césara Pratesa było drugoligowe Clube Náutico Capibaribe, w którym zakończył karierę w 2010.