W 2000 roku Szpital im. prof. Emila Michałowskiego dysponował 93 łóżkami, na których leczyło się rocznie około 3,3 tys. pacjentów, w większości mężczyźni. Pracowało wówczas 11 lekarzy etatowych, 5 wolontariuszy, 5 anestezjologów oraz 75 pielęgniarek. Wykonywano wówczas wszystkie zabiegi urologiczne prócz operacji zmiany płci. Odbywały się one w sześciu wyspecjalizowanych salach operacyjnych przystosowanych do operacji otwartych, endoskopowych i z podglądem rentgenowskim.
20 marca 2000 roku powołano Radę Społeczną Szpitala im. prof. Emila Michałowskiego w Katowicach. Z okazji dziesięciolecia działalności Szpitala Specjalistycznego im. prof. Emila Michałowskiego, 21 stycznia 2006 roku w Domu Lekarza w Katowicach odbyło się uroczyste jubileuszowe sympozjum, w którym wzięli m.in. władze Katowic i województwa śląskiego.
Do 2006 roku szpital został wyposażony w sprzęt diagnostyczny Specjalistycznej Poradni Urologicznej, która prowadziła lecznictwo ambulatoryjne na poziomie ponad 20 tys. porad rocznie. Odnowiono cały sprzęt endoskopowy i laparoskopowy oraz wyposażono dwie nowe sale operacyjne.